全自动菌落计数器利用其强大软件图像处理功能和科学的数学分析方法对微生物菌落分析和微颗粒粒度检测，计数准确，统计速度快，适合医院、科研院所、卫生防疫站、疾病控制中心、检验检疫、质量技术监督、环境检测机构以及制药、食品饮料、医疗卫生用品行业等的微生物检测。

　　分析软件是计数仪的另一块核心成分，因为菌落生物的存在多样性，在培养基上的表现或显像不可能大体一致，针对这类变化，在分析软件选型上要考虑，对于各类成像干扰的自动排出能力。对于严重粘连在一起的团装、链状分布菌落，将其自动分割开来的水平，也是评价分析软件的考量指标，具有图像处理、图像编辑、统计功能、测量功能、数据库管理、以及对抗生素效价分析、药敏分析功能、多培养皿统计、螺旋平皿统计等一系列功能。

　　全自动菌落计数器可以对微生物的菌落计数和计算、抗生素的抗菌性测试和菌种筛选等，菌落是指细菌在固体培养基上生长繁殖而形成的能被肉眼识别的生长物，它是由数以万计相同的细菌集合而成。菌落总数具有两个方面的食品意义，其一作为食品被污染，及清洁状况的标志；其二可用来预测食品的可能存放的期限。在测定过程中应注意以下几个方面：

　　1、培养温度。不同食品含有细菌种类不同，即引起食品新鲜度下降的细菌种类不同。温度不同，细菌生长速度不一样，通常将细菌按生长温度的要求划分为嗜冷菌、嗜温菌和嗜热菌。

　　2、培养时间。根据不同类型的细菌，其培养时间也不相同。

　　3、样品中细菌要均匀分布。在进行样品稀释时，必须充分地混匀样品，否则检验结果有较大的差异。

　　4、不是所有的食品都规定有细菌总数指标。

　　5、细菌总数反映的不是食品中全部的微生物。自然界中的细菌种类很多，各种细菌的生理特征和所要求的生活条件不尽相同，但异养、中温、好气性细菌占多数。所以实际工作中只用一种常用的营养琼脂来测定样品中的菌落数。因此，严格地说，这种方法所得到的结果，是一些能在营养琼脂上生长的好氧细菌的菌落总数。